Para cumplir con sus objetivos, la RICET se divide en tres grandes programas:
P1: Prevención y control
Programa de prevención y control de enfermedades tropicales importadas y re-emergentes de elevado impacto.
P2: Biomarcadores y terapéutica
Programa de desarrollo de biomarcadores y nuevas estrategias terapéuticas para enfermedades tropicales importadas.
P3: Formación y coordinación
Programa de Formación y Coordinación.